Voir pour comprendre
La compréhension des systèmes vivants passe par une meilleure connaissance des détails anatomiques des cellules comme les bactéries. Cependant compte tenu de leur petite taille de moins d’un micromètre, seule la microscopie électronique permet d’accéder à ces détails. En collaboration avec l’Institut Max Planck à Munich, un projet de cryo-microscopie a permet d’observer la répartition des ribosomes à l’intérieur d’une bactérie. (Florian Brandt, Stephanie A. Etchells, Julio O. Ortiz, Adrian H. Elcock, F. Ulrich Hartl, and Wolfgang Baumeister – The Native 3D Organization of Bacterial Polysomes)
Initier une recherche en biologie informationnelle : Projet LifeExplorer
La Fondation est à l’origine du projet LifeExplorer dont l’objectif est reconstruire une cellule bactérienne d’ E. coli en 3D. L’établissement d’un atlas interactif de l’anatomie d’une bactérie permettrait de comprendre le fonctionnement du métabolisme des cellules bactériennes et d’exploiter leur potentiel de nano-machines de production de molécules.
Le logiciel Graphite-LifeExplorer a été développé par l’INRIA pour permettre aux chercheurs d’assembler différents constituants d’un ensemble macromoléculaire. (Samuel Hornus, Bruno Lévy, Damien Larivière, and Eric Fourmentin – Easy DNA Modeling and More with GraphiteLifeExplorer)
Initier une recherche en biologie informationnelle : Projet DeepFinder
En collaboration avec L’INRIA Rennes et l’Institut Max Planck à Munich, un outil d’analyse des cryo-tomogrammes a été conçu afin d’identifier dans une image 3D d’une bactérie entière certains constituants comme les ribosomes. Le logiciel DeepFinder qui fait appel aux techniques avancées de l’intelligence artificielle a été reconnu par la communauté comme un outil de référence en analyse d’image. (Moebel, E., Martinez-Sanchez, A., Lamm, L. et al. Deep learning improves macromolecule identification in 3D cellular cryo-electron tomograms. Nat Methods 18, 1386–1394 (2021))
Nouveaux concepts : Initiative I2CELL
Le concept d’information a toujours été présent en biologie bien avant l’existence des ordinateurs. Les travaux d’Erwin Schrödinger en 1944 et de John von Neumann en 1948 ont ouvert cette voie qui a été validée par les travaux récents de C. Lartigue de transplantation de génome. L’initiative I2CELL a pour objectif de rassembler les biologistes autour de l’utilisation des concepts et des outils informatiques. Cette initiative a commencé par un séminaire en 2018 et par un prix en 2019 qui a été attribué au Professeur Wallace Marshall pour des travaux sur les protistes. Site I2CELL