Des « gamers » font avancer la modélisation des protéines

Foldit est un jeu en ligne développé par l'équipe de David Baker qui tente de résoudre ce problème en associant un programme automatique de prédiction de structures appelé ROSETTA à des joueurs humains qui remodèlent manuellement les structures pour les améliorer. Même si la plupart des joueurs ont peu ou pas de connaissances en biochimie, Foldit a déjà fourni des résultats saisissants en améliorant des modèles générés informatiquement. Un article paru dans Nature « Structural & Molecular Biology » détaille ces résultats.

Cela prouve-t-il que les joueurs en connaissent plus sur la structure des protéines que les ordinateurs ? Certains peut-être, mais Foldit n'utilise pas vraiment l'expertise humaine. Le jeu utilise plutôt l'intelligence humaine pour déterminer quand le programme ROSETTA a pris le mauvais chemin et l'aider à résoudre le problème. Lorsque le raisonnement humain n'est pas assez audacieux ou fait trop confiance au système, Foldit ne fait pas mieux que les approches structurales automatisées. Quand les joueurs humains se voient encouragés à défier les solutions proposées par l'ordinateur, les résultats peuvent être étonnants. Les membres du groupe Baker sont bien conscients qu'il leur faut orienter les prochains développements du programme dans ce sens là, encourager des joueurs à aller plus loin que les prédictions initiales de ROSETTA.

Retrouvez l'article complet de Michael W. Clarkson sur :

http://conflux.mwclarkson.com/2011/09/foldit-pmv-pr/?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed%3A+ConformationalFlux+%28Conformational+Flux%29

L'article détaillant les résultats des joueurs de Foldit est disponible directement sur le site du laboratoire de David Baker :

http://www.cs.washington.edu/homes/zoran/NSMBfoldit-2011.pdf